Il portafoglio prodotti di Merlini è incentrato sui funghi spontanei di bosco, che rappresentano il core business. Le varietà principali includono porcini (Boletus edulis), finferli (Cantharellus cibarius), chiodini (Armillaria mellea) e mazze di tamburo (Macrolepiota procera). Questi vengono proposti in diverse forme: freschi (in stagione), surgelati (IQF), in salamoia, sott'olio, sott'aceto e in creme/spread.
Oltre ai funghi, l'azienda produce una gamma di vegetali trasformati: carciofi (sott'olio, grigliati), asparagi (bianchi e verdi, in vetro o lattina), frutti di bosco (surgelati IQF), funghi coltivati (champignon, pleurotus), tartufo (nero pregiato, bianco, in creme e salse) e verdure grigliate (melanzane, zucchine, peperoni).
Merlini offre anche servizi di private label per clienti della GDO, sviluppando prodotti su misura in termini di ricetta, packaging e formato. L'azienda punta sulla qualità delle materie prime, selezionate direttamente nei territori di raccolta, e su processi produttivi che preservano il gusto e le proprietà nutrizionali.